Chciałbym sobie rozdzielić plik na wiekszą ilość małych plików i utworzyć dla nich podkatalog.

No i teraz mam pytanie, czy wydajne, albo jak bardzo obciąży to moją aplikację, jeżeli będę chciał inkludować wszystki pliki z tego katalogu?

Niby zawsze includowanie plików obciąża aplikację, ale o realnym obciążeniu możemy mówić kiedy plików jest dużo.
Jak masz ich poniżej 50 to możesz się nie przejmować

nie jestem pewien czy się dobrze zrozumieliśmy

Więc dla pewności zadam pytanie pomocnicze

Czy jeżeli php będzie mi skanował folder i includował wszystkie pliki z tego katalogu to może mi to spowolnić pracę ? Szacunkowa ilość plików - 15

Sprawdź sobie Zrób sobie katalog includes/ i w nim podzielone pliki oraz jeden plik includes.php z całym kodem, potem wystarczy microtime'm pobrać czas i sprawdzić jak długo generuje się kod w obu przypadkach