Próbuję parsować plik XML przy pomocy XMLReader i wszystko ładnie działa, jeśli każdy węzeł jest zapisany w osobnym wierszu, np.:

[HTML] pobierz, plaintext 
<?xml version="1.0"?>
<root>
  <wezel1>sqrt</wezel1>
    <wezel2>
      <wezel3>aaa</wezel3>
      <wezel3>bbb</wezel3>
      <wezel3>ccc</wezel3>
    </wezel2>
</root>
[HTML] pobierz, plaintext 

Jednak, gdy dane są zapisane w jednym wierszu, parsowanie daje dość nieoczekiwane rezultaty. Niektóre węzły nie są brane pod uwagę (pierwszy węzeł wezel3). Podobnie rzecz się ma z atrybutami.

Co może być tego przyczyną i jak to obejść? Zaznaczę, że nie mogę nic zmienić w pliku XML.

Niby nie możesz ale przecież zawsze możesz spróbować operować na kopii tego pliku, którą spokojnie można modyfikować chyba ,że są to jakieś potężne pliki XML...

Pliki mają od kilkunastu kilobajtów do kilku megabajtów, więc ręczna edycja odpada. Odpada również wstawienie zawartości pliku do zmiennej, a następnie dodanie znaków końca linii, ponieważ brakuje pamięci (nie mogę zwiększyć limitu).

To może kawałek kodu ? Żeby było widać co tam kombinujesz ?

Nie mam teraz kawałka kodu, ponieważ został on w pracy. Robiłeś coś z XMLReader-em, czy będziesz zgadywał ?