jak dla mnie to można to zrobic na kilka sposobów
Najlepszym jak dla mnie bedzie cos takiego...
Powiedzmy, że masz 5 checkboxów o jakiś tam nazwach kolejno a1, a2, a3, a4, a5, poprzez formularz wysyłasz je do pliku gdzie ma nastąpić zapis do bazy i wpisujesz je w taki sposób:
<?php
$wynik = $_POST['a1'].";".$_POST['a2'].";".$_POST['a3'].";".$_POST['a4'].";".$_POST['a5'];
?>
i wykonujesz zapytanie
INSERT INTO...
Zakładając, że wszystkie checkboxy były zaznaczone masz więc w Tabeli X w Rekordzie Y na Polu Z takie cos: a1;a2;a3;a4;a5
A przypuśmy że zaznaczone są checkboxy a1,a3,a4 - to wtedy na Polu Z masz: a1;;a3;a4;
Jak wyciągać z bazy?
bardzo prosto... Bierzesz cały rekord poprzez
SELECT Pole Z FROM Tabela X WHERE Rekord = Rekord Y;
a następnie używasz funkcji
explode()" title="Zobacz w manualu PHP" target="_manual względem znaku
; i w ten sposób sprawa jest załatwiona

prosto i przyjaźnie