Najprościej byłoby od samego początku użyć prostej funkcji w PHP zwanej "include". Jeśli twój serwer posiada obsługę php ja zrobiłbym to tak:
Wycinam menu ze strony i wstawiam do oddzielnego pliku, np. menu.html
W miejscu menu na stronie wstawiasz kod
<?php include ('menu.html'); ?>
Od tej pory serwer będzie doklejał zawartość dokumentu z menu do strony właściwej. Jeśli jednak naklepałeś już htmlem dwieście podstron to w tym momencie wykopałeś pod sobą dołek i musisz powklejać ten kod do każdego dokumentu osobno

Właśnie dlatego ludzie nie korzystają już z htmla bez użycia CSS i JS/PHP

Dokładna odpowiedź na twoje pytanie. No cóż, wątpię, aby powstał specjalny program tylko do wklejania danego fragmentu w danym miejscu. Nie wiem na ile pomocne to będzie, ale nawet najprostszy Notatnik z windowsa ma coś takiego jak Znajdź i zamień, jednak nie wyedytujesz tym dwustu plików na raz ;<
Pozdrawiam