Trochę bez sensu wydaje mi się dodanie do repozytorium projektu bibliotek zewnętrznych. Przykładowo mając doctrine w projekcie czy muszę je dodawać czy można je w jakiś sposób "podlinkować" tak żeby przy klonowaniu mojego projektu lub zwykłym checkoucie została też pobrana ta biblioteka która została pobrana przez git clone i posiada swoje własne repozytorium.

Możesz i masz 2 opcje:
1) http://book.git-scm.com/5_submodules.html
2) https://github.com/composer/composer
http://nelm.io/blog/2011/12/composer-part-1-what-why/

Polecam ten 2