Jak zapewne wiesz, zapytanie sql=owe zakończone jest znakiem " ; "
Jednym ze sposobów było by wczytanie tego pliku funkcją file. Wczytuje ona do tablicy linia po lini.
Następnie iterujesz po takiej tablicy szukając znaku " ; "
Kiedy znajdziesz całość co było przed ładujesz do nowej tablicy. To jest jedno całe zapytanie.
Ale aby nie wykonywać kilkuset / kilka tysięcy zapytań możesz ustawić że jedno zapytanie kończy się powiedzmy po 10 " ; ".
Następnie kiedy masz już taką tablicę to po kolei wykonujesz zapytania.
Serwer się trochę napracuje ale to chyba japrostrzy sposób.
Skrypt oczywiście muszisz sobie napisać