Napisałeś o wyśrodkowaniu w pionie, a nie o ustawieniu wysokości, więc dostałeś odpowiedź jak wyśrodkować w pionie.
Sprawa jest dosyć prosta.
Najpierw pobierasz sobie wszystkie wysokości:
var h1 = $('#kolumna1').attr('offsetHeight');
var h2 = $('#kolumna2').attr('offsetHeight');
var h3 = $('#kolumna3').attr('offsetHeight');
Potem wyszukujesz największą z nich:
var maxH = Math.max(h1, Math.max(h2, h3));
i ustawiasz wszystkim wysokość najwyższego elementu:
$('#kolumna1').css('height', maxH + 'px');
$('#kolumna2').css('height', maxH + 'px');
$('#kolumna3').css('height', maxH + 'px');
Koniec.