głupie pytania zadajecie...
jak z php ?może Jerry robi serwis z udostępniający możliwość założenia własnej strony/bloga, i chce aby userzy mogli podpinać własne domeny...
musisz napisać skrypt w bashu (ewentualnie program) modyfikujący pliki konfiguracyjne i wywoływać go exec() z php,
taki program i plik wywołujący program musi mieć odpowiednie uprawnienia / odpowiedniego właściciela
które pliki modyfikować? sam nie wiem

poszukaj
na pewno musisz dopisać domenę do dnsów, no i potem przekierować na odpowiedni folder w konfiguracji serwera
oczywiście musisz mieć dedyka / vps
jeśli chcesz zrobić serwis taki jak opisałem wyżej to możesz delikatnie oszukać userów ...

user dodaje domenę, dostaje komunikat że jego domena 'ustawi' się w ciągu 24h, Ty dostajesz maila, i ręcznie podpinasz domenę