Czy można zmusić mysql do sortowania wyników wg cyrylicy, bez przestawiania konfiguracji. Tzn. tylko na czas mojego zapytania z php?

Indeksy tabel, posortowane według zadanego kodowania, przechowywane są na stałe na twardym dysku - zmiana mymaga przebudowania indeksu. Więcej na temat: http://www.mysql.com/doc/en/Character_sets.html

Podobny problem był tutaj poruszany przy okazji sortowania z polskimi znakami. Warto zapoznać się z [tym] wątkiem na grupie pl.comp.lang.php - rozważany jest tam pewien uogólniony algorytm rozwiązania tego problemu.

To jakby nie do końca na temat. To jest na temat sortowania tablic w php, a nie sortowania na poziomie bazy danych.