W MySQL możesz wykonywać 1 zapytanie korzystając z kilku różnych baz danych. Po prostu zamiast:
SELECT tabela.kolumna FROM tabela;
robisz:
SELECT baza.tabela.kolumna FROM tabela;
Pamiętaj tylko, że użytkownik spod którego łączysz się z bazą musi mieć możliwość odczytu danych ze wszystkich baz, z których korzystasz w zapytaniu.
Co do pytania, czyli wyciągnięcia danych występujących w kilku bazach czy tabelach to możesz dokonać złączenia
JOIN lub użyć klauzuli
EXISTS. W razie jakichkolwiek problemów pisz podając swoje aktualne rozwiązanie.