a chodzi i JavaScript czy o PHP??
zresztą nie ważne, i tak musisz się połączyć ze swoim serwerem gdzie wiesz, jaka wersja jest aktualna...
jeśli chodzi o PHP to dla Ciebie najprościej będzie
file_get_contents skoro o takie rzeczy się pytasz i po prostu odpytujesz adres i np. w get podajesz wersję skryptu (najlepiej odpowiedź skeszować coby pytać co jakiś tylko czas...)... a jeśli chodzi o JavaScript to albo dołączaj na stronie skrypt z adresem do twojego serwera i wyświetlaj komunikat
albo AJAX (podobno cross domain w HTML 5 odblokowany, jednak nie ręczę), więc najlepiej zainteresuj się hasłami JSONP oraz "dynamiczne załączanie javascript" - oczywiście na serwerze zapytanie musisz mieć przekierowane na PHP/JAVA czy w czym tam serwujesz treść...