Nie ma jednego polecenia, które zrobi to za Ciebie. Trzeba:
1. otworzyć plik "wejściowy" do odczytu,
2. otworzyć plik "wyjściowy" do zapisu,
3. "spacerując" po liniach pliku "wejściowego" sprawdzać, czy $kod nie znajduje się, w którymś polu danej linii, a jeśli tak, to tę linię przepisać do pliku "wyjściowego",
4. zamknąć oba pliki.
To tak w telegraficznym skrócie. Znaczną część kodu już masz wystarczy dopisać dosłownie parę linijek. Nie jest to strasznie skomplikowane, dla ułatwienia zmodyfikuję pętlę for:
$czyZapisac = true;
for($c = 0; $c < $num; $c++) {
if($kod == $data[$c]) {
$czyZapisac = false;
}
if($czyZapisac) {
fputcsv($uchwytPlikuWyjsciowego, $data);
}
}
Do tego wystarczy dopisać odpowiedni fragment kodu dla punktów 2 i 4.