Mam dwie tabele, z tym, że każda z innymi polami. Chciałbym zrobić sprawdzenie czy rekord w tabeli docelowej jest taki sam jak w pomocniczej ale po sprawdzeniu tylko kilku pól,nie wszystkich, jeśli się różni dla takiego samego id to zrobić update po określonych polach, jeśli nie ma w docelowej takiego id jak w pomocniczej to dodać taki rekord. Czy można to zrobić jakoś łatwo z sql, czy lepiej najpierw w php wyciągnąć dane z tych tabel a potem je porównywać i w zalezności update lub create?

Tak, można łatwo zrobić np w mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/ins...-duplicate.html