Musisz mieć po prostu dwie różne nazwy dla danych sesji, np. jeśli logujesz się do katalogu A to:
$_SESSION['kat_A'] = TRUE;
a jeśli do katalogu B to:
$_SESSION['kat_B'] = TRUE;
i teraz zależnie od tego, do którego katalogu się odnosisz w kodzie, tej nazwy sesji używasz.