Co będzie szybsze w aplikacji z około 20-30 pluginami (zakładając, że jeden plugin to jeden plik PHP) a ten plugin zawiera co najmniej jeden Hook:

1. Podczas instalowania pluginu wywoływać specjalną metodę (np. install), która za pomocą jakiegoś wrappera doda do bazy danych hooki, które ten plugin uzywa i później pobierać z bazy danych wszystkie rekordy z pluginami, które używają ten hook.
2. Podczas inicjalizacji systemu ładować wszystkie pliki pluginów i wywoływać ich metody (np. init), które to dodają na poczekaniu, do listy hooków, te, z których będą korzystać, i w tedy będziemy mieli wszystkie te, które będziemy mieli użyć już w tablicy.

Obydwa wyjścia mają wadę. Pierwsze - niepotrzebne zapytania do DB, tyle zapytań, ile wywołań hooków. Drugie - niepotrzebne ładowanie tylu plików i odpalanie tylu metod z każdym requestem.

Jak można to rozwiązać, by zwiększyć szybkość tego działania, jakie zastosować Cachowanie?

obojętnie jakie, zapisujesz sobie wynik w pliku jako serializowana tablica i działasz potem na niej.

Warto poczytać o wzorcu obserwator i lazy loading