Mam poniższy kod wyciągnięty z pętli, jak można tutaj uwzględnić zależność gdy checkbox jest odznaczony to pomija oznaczony przy nim wiersz w sumowaniu?

http://jsfiddle.net/gmyvtbwL/

[PHP] pobierz, plaintext 
<table>
<tr>
    <td>
        <input id="Field_Price_[]" value="1" type="text" />
        <input id="Field_Amount_[]" type="text"/>
        <input id="Field_Check_[]" type="checkbox" checked="checked"/>
    </td>
</tr>
<tr>
    <td>
        <input id="Field_Price_[]" value="1" type="text"/>
        <input id="Field_Amount_[]" type="text"/>
        <input id="Field_Check_[]" type="checkbox" checked="checked"/>
    </td>
</tr>
<tr>
    <td>
        <input id="Field_Price_[]" value="1" type="text"/>
        <input id="Field_Amount_[]" type="text"/>
        <input id="Field_Check_[]" type="checkbox" checked="checked"/>
    </td>
</tr>
 
        <table>
<tr>
    <td><span id="PrintSum">0.00</span></td>
</tr></table>
<script type="text/javascript">
var $prices  = $('input[id^=Field_Price_]'),
    $amounts = $('input[id^=Field_Amount_]');
 
$prices.add($amounts).on('keyup', function() {
    var total = 0;
    $prices.each(function() {
        total += $(this).val() * $(this).next().val() || 0;
    });
    $('#PrintSum').text(total.toFixed(2));
})
.trigger('keyup');
</script>
[PHP] pobierz, plaintext 

http://jsfiddle.net/gmyvtbwL/1/

super działa, mógłbyś podpowiedzieć gdzie w kodzie js oznaczyć checkbox parametrem onchange aby po jego zmianie odbywało się również obliczenie, a nie gdy tylko input jest kliknięte?

Przenieś obliczanie do funkcji. Funkcję wywołaj w onkeyup (obecnym) i podepnij zdarzenie onclick dla $chks, tam również wywołaj tą funkcję.

P.S. W podanym przez Ciebie kodzie są niepoprawne ID elementów.