Bez dostępu do FTP nie da się podejrzeć kodu gdyż jest on przetważany przez server podczas wywołania ... a server zwraca do użytkownika tylko wynik/efekt jego działania.
Nie dawać plikom includowanym rozszeżenia *.inc ... gdyż wtedy już da się je podejrzeć ... chyba że skonfigurujesz server inaczej. (używać *.php)
Używać tablic super globalnych $_POST oraz $_GET
Nie wrzucać nie sprawdzonych zmiennych $_POST , $_GET do zapytań SQL
I pewnie jeszcze wielu rzeczy ale teraz mi nic do głowy nie przychodzi