OK:
Podany przez Ciebie kod nie działa, czyli nie zmienia nazw plików zgodnie z moim pytanie na początku postu

Naskrobałem coś takiego, teraz nazwy plików oryginalnych i nazwy na które chcę zmienić mam w bazie:
<?php
$files = glob("*.pdf"); // tworzę listę plików w katalogu
$result = mysql_query("SELECT Name, File FROM tabela WHERE File != ''"); // pobieram Name jako nazwa docelowa i File jako nazwa orginalna pliku
$a=0;
if($files[$a] == $row["File"]){
rename($files[$a], $row["Name"].".pdf"); }
$a++;
}
}
?>
Rzeźbię i nic z tego, ktoś pomoże?
Poradziłem sobie, jak by ktoś potrzebował, to wrzucam działający kod:
<?php
$result = mysql_query("SELECT Name, File FROM tabela WHERE File != ''");
rename($row["File"], $row["Name"].".pdf"); }
}
?>