Możesz sprawdzić badając listę zwróconą przez:
SHOW TABLES FROM nazwa_bazy LIKE 'nazwa_tabeli';
Jeśli jednak masz dużo tabel to możliwe, że lepiej będzie poprzez:
SELECT 1 FROM nazwa_tabeli LIMIT 1;
Jeżeli tabela istnieje zostanie zwrócona wartość 1, natomiast jeśli nie istnieje to trzymasz błąd #1146.
// Edit:
Ulepszyłem pierwsze zapytanie.