Gdzie powinno inicjować się podstawowe komponenty wymagane przy pracy aplikacji takie jak:
- skonfigurowane i nawiązane połączenie z bazą danych
- domyślny adapter db dla Zend_Db_Table
- lista kontroli dostępu Zend_ACL

Najlepiej w pliku bootstrapa czyli index.php czy też lepiej w pluginie, np. przez rozpoczęciem wykonywania pętli uruchomieniowej? Jak macie to u siebie zaprojektowane?

Wg mnie po to właśnie są pluginy (w innych frameworkach filtry). Ja na przykład mam w miarę stały bootstrap i w zależności od potrzeby, ładuję plugin odpowiedzialny za aplikację którą tworzę - taki plugin ładuje kolejne pluginy (, Config, ACL, Database, User etc.), które są mu potrzebne. O tyle fajne rozwiązanie, że nie każda strona/serwis potrzebuje Bazy danych, czy sesji i mogę swobodnie to kontrolować.