alert(cos.val()) Wyświetla "inny tekst" ale druga linijka już nie. To chyba znaczy że on zmienia ten tekst w kopi zmiennej template a nie w tej zmiennej. Oprócz tego dodawany do formularza jest bez problemu.

[HTML] pobierz, plaintext 
<script type="text/javascript">
	$(document).ready(function() 
	{
		$("select#databases option").click(
		function()
		{
			hideAll();
			$("select#" + this.text).css("display", "block")
		});
		$("select.tables option").click(
		function()
		{
			var database = $(this).parent().attr("id")
			var table = this.text
 
			var form = $("form#selected-tables");
			var template = $("div#template").html();
 
			var cos = $("input[name='databases[]']", template).val("inny tekst")
// TUTAJ JEST PROBLEM
			alert(cos.val())
			alert($("input[name='databases[]']", template).val())
 
			form.append(template)
		});
	});
	function hideAll()
	{
		$("select#databases option").each(function()
		{
			$("select#" + this.text).css("display", "none")
		})
	}
</script>
<style type="text/css">
select { float:left; width:25%; height:200px; margin:0; border:0; }
select.tables { width:75%; display:none; }
input.add { width:100%; }
div.table { margin:0.5em; }
div#template { display:none; }
</style>
<select id="databases" multiple>
{foreach from="collection" item="database"}
	<option>{$database->getName()}</option>
{/foreach}
</select>
 
{foreach from="collection" item="database"}
<select id="{$database->getName()}" class="tables" multiple{if $database->count() == 0} disabled{/if}>
	{foreach from="database" item="table"}
		<option>{$table->getName()}</option>
	{/foreach}
	{if $database->count() == 0}<option>No Tables</option>{/if}
</select>
{/foreach}
<form id="selected-tables" action="#" method="POST">
<input class="add" type="submit" value="Reverse">
<div id="template"><div class="table">Database: <input name="databases[]" value="tekst" type="text" disabled> Table: <input name="tables[]" type="text" disabled> <input value="-" type="button"></div></div>
 </form>
[HTML] pobierz, plaintext 

Niestety skrypt forum usuwa mi tabulacje.

Selektory, w których nazwie są znaki specjalne trzeba escape'ować! http://docs.jquery.com/Selectors

Błąd masz w template:

Zostaw obiekt jQuery, nie wyciągaj z tego kodu (czytaj: wywal .html()).

Poza tym spróbuj tak:

OK. Dzięki.
Mam teraz inny problem.

[HTML] pobierz, plaintext 
$("select.tables option").click(
		function()
		{
			var database = $(this).parent().attr("id")
			var table = this.text
 
			var form = $("form#selected-tables");
			var template = $("div#template");
 
			var new_input_db = $("input[name='databases\[\]']", template).val(database);
			var new_input_table = $("input[name='tables\[\]']", template).val(table);
 
			alert(new_input_db.val() + "\n" + new_input_table.val())
 
			$("input[name='tables\[\]']", template).replaceWith(new_input_db);
			$("input[name='databases\[\]']", template).replaceWith(new_input_db);
 
			form.append(template.html())
		});
[HTML] pobierz, plaintext 

Niestety replaceWith nie działa. Próbowałem już też użyć .html() do new_input_*, ale tak też działać raczej nie będzie bo input nie jest elementem blokowym ee to znaczy nie ma tagu zamykającego. Jak mam teraz przypisać do zmiennej template zmienione znaczniki input?

1. nie escape'ujesz poprawnie znaków (albo forum wycina, choć nie sądzę)
2. czepiłeś się dalej tego val; jak chcesz zamienić obiekt, to w obiekt, a nie dla replaceWith jako parametr podajesz wartość zamiast obiektu jQuery. Nie jestem pewien na 100%, ale to pewnie dlatego.

Przecież val() sprawdzam tylko czy zostały wartości zmienione w alercie...

Do alerta jest wszystko dobrze, a z podwójnymi backslashami kod mi nie działał. Nie mogę podmienić tych starych inputów z template na nowe.
Metoda html() oczywiście nie działa na nowych inputach. Na razie zrobiłem prowizoryczne ręczne tworzenie kodu HTML tych inputów,
ale byłbym bardzo wdzięczny gdybyś mi powiedział jak mam je podmienić, bo zamiana obiektów nie działa. I nie rozumiem czego się uczepiłeś metody val() przecież muszę w szablonie jakoś zamienić wartość inputów, bo inaczej cały proces nie ma sensu.