Skanowanie portu 3306/TCP może być przeprowadzane przez robaka W32.Spybot.IVQ. Robak W32.Spybot.IVQ propaguje się atakując serwery MySQL oraz Microsoft SQL za pomocą prostego słownika, próbuje metodą brute-force uzyskać dostęp do baz. Szczególnie narażone na atak są więc konfiguracje ze słabym hasłem. Port 3306 jest również wykorzystywany przez konia trojańskiego Backdoor.Nemog.D, który ma statycznie wprowadzoną listę adresów IP oraz listę portów, na które wykonuje połączenia. Port 3306/TCP znajduje się na tej liście. Ostatnio port 3306 jest używany również przez klony emule oraz edonkey.