Wszystko jest kwestią wypadkowej "wygody" i umiejętności piszącego. Dla mnie blokada a poziomie htaccess jest po prostu wydajniejsza. Zauważ, że wszystkie żądania przechodzą przez htaccess, który mus wyłapać czy link spełnia którąś z reguł. Jeśli wyłapie, to przekieruje na odpowiednio przygotowaną na ten wypadek. Jeśli to będzie jakaś statyczna to nawet nie musi ruszyć do pracy interpreter php bo zaserwujesz jakiś html przykładowo (zależy jaka budowa strony).
CuteOne... Co do możliwości, to moduł ten daje o wiele większe niż tylko przepisywanie adresów do SEO-friendly, ustawianie 301 bądź blokowanie dostępu do katalogów. Poczytaj dokumentację sobie to zobaczysz co można wyprawiać