Proble mam taki. Wiadmo, że przed użyciem header nie mogę wysłać żadnych nagłówków, czyli nie mogę wysłać też znacznika meta o kodowaniu strony iso... skutkiem czego dane z wpisanego formularza po wysłaniu są zapisywane do bazy danych bez kodowania, w moim przypadku są to komentarze do artykułów.

układ strony jest następujący

Czy ma ktoś pomysł jak zachować kodowanie i jednocześnie zrobić to tak żeby header ciągle działało??

Dane z formularza idą takim kodowaniem, jakie było użyte na stronie z formularzem.
Ustaw tam poprawne kodowanie i nie mieszaj.

Nie za bardzo rozumiem o co Ci chodzi, bo nie ma problemu z kodowaniem znaków w ISO przy wysyłaniu formularza na serwer. No chyba, że formularz masz napisany w java script co tłumaczy sytuację, gdyz java script "kocha" win-1250 co powoduje takie problemy. Wystarczy, że masz zdefiniowane w nagłówku strony poprawne kodowanie. Nie przeszkadza tutaj wysłanie cookie powyżej nagłówka, czy rozpoczęcie sesji. Nigdy nie miałem tego typu problemu.