Problem jest taki, że kiedy testuję swoją stronę na localu to działa pięknie bo pliki strony są nienaruszone, ale kiedy wgram stronę na serwer pliki wgrywane są tak, że w efekcie w każdym z nich cały kod jest w jednej linii, komentarze np. w php przechwytują wtedy kod który komentarzem nie jest i w końcowym efekcie strona się wysypuje. Czy to może być wina kodowania plików? Każdy jest w UTF8 bez bom'u.

A czym wysyłasz?
Klienty FTP potrafią zmieniać strukturę przesyłanych plików.

Polecam FileZille.

Filezilla jest najlepsza, korzystam. Problemem był format karetki. Wystarczyło przestawić kodowanie wszystkich plików na unixowe i działa. W Notepad++ można to znaleźć pod Edit -> EOL Conversion -> Unix