Ojć, zło widzę, zło. Puste pliki które po drodze wypełniamy? W żadnym wypadku

Też tak na początku kombinowałam, ale przekombinowałam. Pliki tworzę na bieżąco, bo "po drodze" zawsze okaże się, że ich ilość się zmieni.
I ZAWSZE ale to zawsze jak tworzę sobie backup własnych "nagłych i błyskotliwych" rozwiązań, całość wrzucam do osobnej biblioteki.
Załóżmy, stwórz sobie folder "Pracownia", a w nim folder "_w_trakcie", "gotowe_projekty", "skrypty". W folderze skrypty znów katalogi które podpowiedzą ci CO TO ZA SKRYPTY. Czyli (przykładowo) "Logowanie i rejestracja", "Zarządzanie treścią", "Obsługa plików graficznych", "Obsługa plików tekstowych", itd. W ten sposób nawet po 5 latach spoglądając w foldery, wiesz co gdzie jest. Nazwy takich swoich skryptów również nadawaj "oczywiste", nawet jeśli będą długie, by nie zastanawiać się później, gdzie czego szukać.
Gdy rezygnujesz z jakiegoś rozwiązania na stronie, przenosisz jego skrypt do takiej swojej biblioteki a z folderów projektu usuwasz, lub przenosisz go np do folderu "tymczasowe". Wtedy WIESZ NA PEWNO które pliki idą na serwer, a które do kosza po zakończeniu pracy.
Jeśli chodzi o strukturę katalogów strony, jest naprawdę różna w zależności od autora, i nie ma jednego "oczywistego i niezmywalnego" schematu.
Mogę Ci podpowiedzieć jak to może wyglądać. Żeby powiedzieć ci jak robią to inni musiałabym być "innymi", ale mogę ci podpowiedzieć jak ja się do tego zabieram.
adm ->
tutaj będą pliki odpowiedzialne za panel zarządzania. Warto osobno podzielić na katalogi(wedle tej samej zasady co dla głównej strony) jeśli masz tego dużoimages ->
wiadomo, obrazki
- avatars ->
awatary użytkownika/ów - uploads -> j
eśli użytkownicy mogą wgrywać wiele plików, warto ten folder podzielić na podfoldery, z których nazwa każdego odpowiada nazwie lub id użytkownika. Pomocne dla wyświetlania plików w profilach. Podobny system można zastosować do katalogu "files" jeśli np użytkownicy mogą wgrywać pliki do pobrania.includes ->
tutaj przechowuj pliki includowane na wybrane podstrony, funckje i klasy - adm ->
pliki includowane do panelu zarządzania - editor ->
pliki odpowiedzialne za wyświetlanie na stronie edytora - mod ->
pliki odpowiedzialne za moderację treści jeśli taką przewidujeszjs ->
wiadomo, js 
lang ->
tutaj siedzą pliki językowe jeśli takowe posiadasz - en
- fr
- pl
- navi
theme
- css ->
pliki css - images ->
ikony, logo, tła itd - template ->
szablony htmlsystem
- auth ->
weryfikacja dostępu użytkowników, grup itp, zasady sesji, itd - content ->
bbcode, emoty, pliki odpowiedzialne za przetworzenie języka i stylu - user ->
opcje profilu użytkownika-connect.php ->
plik odpowiedzialny za połączenie z bazą danych-config.php ->
plik importujący connect.php oraz pliki systemowe, by nie wpisywać całej listy każdorazowo tworząc podstronę-help.php ->
strona faq, kontaktu, polityki prywatności i regulaminu-index.php ->
wiadomo-login.php ->
wiadomo-user.php ->
profile użytkownika/ów-reg.php ->
plik rejestracji-view.php ->
plik wyświetlający tematy/artykuły/newsy itdZ czasem na pewno wypracujesz sobie swoją, najwygodniejszą dla siebie strukturę, którą będziesz stosować szablonowo.
I będę obstawać przy tym, by nie zostawiać "śmieci" ani w strukturze, ani w skrypcie. Oraz by nie tworzyć już na początku 40 pustych plików a potem kombinować, jak i czym je wypełnić

Przykładowo, do pliku "config.php" warto wczytać tylko to, co NA PEWNO będzie wczytywane na każdej stronie, a co znajduje się w "systemie", by strona nie wczytywała psu na budę potrzebnych plików za każdym razem. Z kolei taki podział pozwoli na ograniczenie zawartości plików znajdujących się w głównym katalogu co jest bardzo wygodne gdy musisz coś na szybko dodać albo zmienić. Rozmieszczając pliki określonym przez siebie, stałym sposobem, ogarniesz się również w każdym swoim dawnym projekcie bez potrzeby wczytywania się w całe strony kodu

Podpowiem ci, że ja w katalogu danego projektu ZAWSZE trzymam plik "_db". Pliku nie umieszczam na serwerze, zawiera on pełną strukturę bazy danych, co ułatwia mi pracę.