Witam ja z pytaniem czy takie rozwiązanie jest odpowiednie

[PHP] pobierz, plaintext 
- M
- V
- C
- Lib
- index.php
- Admin
   - M
   - V
   - C
   - index.php
[PHP] pobierz, plaintext 

gdzie Bootstrap znajdujes sie tylko w katalogu głównym w Lib tak samo jak połączenia z bazą itp

No i gdzie to pytanie

Takie rozwiązanie ma być odpowiednie dla?

A tak na serio - to od Ciebie zależy jak sobie to ustawisz - grunt aby było zachowane MVC. Widzę, że Admin to oddzielny moduł z własną architekturą MVC - ok, Zend to łyknie bez problemu.

Nie za bardzo wiem jednak czego oczekujesz?

Dopiero uczę się tych "zaawansowanych technik" i szukam raczej potwierdzenia lub zganienia mojego myślenia w kwestii struktury. Buduje małego cmsa dla celów naukowych

Struktura katalogów jest jak najbardziej prawidłowa, w MVC bardziej chodzi o rozdzielenie wszystkich elementów i nie chodzi tu o rozdzielenie ich na katalogi tylko na pełnione funkcję. Nawet jak będziesz miał taka strukturę katalogów a będziesz w kontrolerach klepał model to i będzie błąd

Zerknij w link:
http://phpedia.pl/wiki/MVC
tu jest ładny przykład.