Jeśli chodzi ci o przezroczystość elementu, to najłatwiej zrobić to CSS'em w ten sposób:
Kod
#element {
opacity: 0.5; //Normalne przeglądarki
filter: alpha(opacity=50); //IE
}
Atrybut allowtransparency to i tak wymysł Microsoftu (pomijając to, że zupełnie niepotrzebny) więc nie jest to dziwne, że nie działa w Operze.
Edit:
Chyba jednak chodzi ci o coś innego niż ja pomyślałem.

Przezroczyste tło elementu można ustawić przez background-color: transparent; w CSS. Zresztą z tego co pamiętam iframe'y mają domyślnie przezroczyste tło więc nie powinno być z tym w ogóle problemów. Jeśli jednak są, proponuję przestać korzystać z ramek. I
nie tylko ja.