Problem pojawił się wtedy gdy używałem Tabów jako 4 spacje. Wiem również że problem pojawiał się również w eclipse ("Szalejące taby").
Rozwiązanie jest proste:
Window->Preferences -> PHP -> Formatter
Bierzemy Edit, w zakładce Indentation w General Settings, Tab policy: wybieramy spaces, Indentation size: 4, Apply OK
Window->Preferences -> PHP -> Editor -> Typing:
Tabulators -> Zaznaczamy Tab key indentsthe current line
I po problemie

(po miesiącu męczarni wreszcie mam taby takie jakie chciałem).