http://avr-pic.pl/avr/index.html - Jest tak
http://avr-pic.pl/avr/index_old.html - tak ma być

http://avr-pic.pl/avr/style.css - Tak ma być i jest
http://avr-pic.pl/avr/style_old.css - Css od ładniej wyglądającej strony

Myślę, że wiecie o co chodzi ^^
Prawa strona (środek) oraz stopka

Pozdrawiam

1. w CSS, jak masz w #strona width: 1000px; to już nie rób znowu width: 1000px; w podrzednym #top tylko width:100%;
2. trochę długi ten kod i nie chce mi się całego przeglądać ale widzę że masz floaty, może gdzieś trzeba daj clear:both?
3. dobrym sposobem jest danie każdemu divowi obramowania typu `1px #000 solid` i wtedy zobaczysz co na co nachodzi

powodzenia!

Uwaga dodanie border może wszystko totalnie rozjechać, bo dodają się one do szerokości i divy mogą się przestać mieścić jeśli jest kilka w linii.

Kompletnie nie pojmujesz jak robić strony poprawnie!

Nie używaj pustych elementów! Do odsuwania czegokolwiek używa się marginesów, a nie setek niepotrzebnych i psujących czytelność strony divów. Ma to kilka zalet, pierwszą i najbardziej podstawową jest prosta modyfikacja w razie błędu. W tym prawdodpodobnie zarobisz się na śmierć.

Całą stronę masz megaźle rozpracowaną.

Sam html na stworzenie wszystkich tych elementów powinien wyglądać na przykład tak:

[HTML] pobierz, plaintext 
<div id="container">
   <div id="header">
       <div id="logo">
 
       </div><!-- koniec logo -->
       <div id="menu">
            <ul>
                <li>Pierwsza pozycja menu</li>
                <li>Druga pozycja menu</li>
                <li>i tak dalej</li>
            </ul>
       </div><!-- koniec menu -->
   </div><!-- koniec header -->
    <div id="search">
        Szukajka
    </div><!-- koniec search -->
    <div id="main">
        <div class="menuLeft">
            Tu znowu lista zamiast brów co odnośnik
        </div><!-- koniec menuLeft -->
        <div id="content">
            Treść strony i reklamy
        </div><!-- koniec content -->
        <div class="menuRight">
            Lista z zaprzyjaźnionymi stronami
        </div><!-- koniec menuRight -->
    </div><!-- koniec main -->
    <div id="footer">
        Stopka
    </div><!-- koniec footer-->
</div><!-- koniec container-->
[HTML] pobierz, plaintext 

@edit
Nie wiem czemu nie pokazuje mi wcięć.