Nie wiem czy dobrze zrozumiałem pytanie no ale:
Jeśli chcesz to trzymać na jednym serwerze to da się, tylko musisz mieć odpowiednią strukturę katalogów i skonfigurowane vhosty.
Przykładowa struktura katalogów
Kod
www/
lib/ - cake i wszystkie biblioteki
strona1.pl/ - (app strona 1)
strona2.pl/ - (app strona 2)
...
W vhostach ustawiasz, żeby strona1.pl kierowała na katalog /www/strona1.pl/webroot/
strona2.pl kierowała na katalog /www/strona2.pl/webroot/
i w plikach:
/www/strona1.pl/webroot/index.php
Stałą ROOT ustawiasz na
}