Gdzie przechowywać swoje własne funkcje, które nie są związane ściśle z żadną klasą?
Mówie tutaj o jakichś własnych funkcjach "globalnych" typu własna funkcja date, jakieś funkcje operujące na tablicach, stringach i inne, które mogą być używane w różnych miejsach w różnych kontekstach i w programowaniu strukturalnym umieszczałem je po prostu w pliku common.php czy functions.php.

Chciałbym mieć do nich dostęp w Modelu, Kontrolerze i w Widoku.

Jedynie co znalazłem to Helepery, ale nie rozumiem dlaczego umieszczane są w widoku i nie mam pewności czy służą do tego.

Tak do tego sluza helpery.Nigdzie nie jest napisane ze mozesz je tylko uzywac w widoku mozesz uzyc ich wszedzie.Przewaznie sa to klasy ze statycznymi metodami.

Tzn oglądałem jakieś przykładowe struktury MVC z helperami i folder helperów był w widoku?

Oki, powiedzmy, że mam helper - ogólnie przyjmuje się jeden heleper = jedna funkcja czy grupa funkcji (np. tablicowe, stringowe, własne funkcje daty)?

Helpery dla poszczególnych modułach mają zadanie wspomagać widoki np możesz sobie napisać jakiś URLhelper który generuje ścieżki urla a w innym module robi coś innego. Klasy ogólne, wspomagające, do zastosowań w wielu projektach możesz trzymać w jakimś folderze klas w library czy vendors.

Czyli normalnie functions bez klas i gdzieś w bootstrap include tego pliku?

A to zależy co chcesz osiągnąć i jakie podejście.
Możesz zrobić np:

[PHP] pobierz, plaintext 
/app
/library
  |- /Zend
  |- /My
    |- /String
/public
[PHP] pobierz, plaintext 

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
# /library/My/String/StringProvider.php
namespace My\String;
 
class StringProvider {}
[PHP] pobierz, plaintext 

I wrzucić do jakiegoś loadera.

Wydaje mi się, że wziąłbym te wszystkie Twoje funkcje i spróbował je pogrupować. Wtedy te grupy pozamieniałbym na klasy ze statycznymi metodami.
Z tego co piszesz, te Twoje klasy to jakieś formatery lub/i filtry, więc dobre nazwy dla nich to np. StringFilter, ArrayFormatter (lub, zgodnie z nazewnictwem w Zendzie: Filter_String, Formatter_Array) itp.
Nawet jeżeli klasa ma jedną metodę, to warto, bo kto wie, czy w przyszłości jej nie rozszerzysz, a mieszanie kodu strutkuralnego z obiektowym nie jest raczej dobrym pomysłem.

Co do helperów, to osobiście odradzam. W kontrolerach i widokach są wywoływane w magiczny sposób i czasami ciężko jest debugować kod, gdy coś się posypie.

~bastard13:
To co opisałeś w pierwszym akapicie, to właśnie helpery.
Co znaczy, że są wywoływane w magiczny sposób?

Jeśli są to funkcje globalne to tak. Jeśli ma być to tzw. helper, to raczej nie ma sensu udostępniać go dla całej aplikacji, tylko wtedy gdy jest potrzebny.

@ADeM
Są wywoływane w magiczny sposób, bo (w Zendzie) każde takie wywołanie przechodzi przez metodę __call(), a nie przez metodę, która została w tym celu utworzona. Osobiście odradzam czegoś takiego i wolę wywoływanie metod obiektów w sposób jawny.
Jeżeli przez helpery rozumiesz klasy pomocnicze, to jak najbardziej, to o czym pisałem to taki zbiór klas:)