macie jakiś pomysl jak zrobić, żeby pliki, które wyniknęły z działania programu uruchomionego z poziomu php za pomocą funkcji system() nie były własnością grupy http oraz użytkownika http ?

Google: chown/chgrp

Chociaż lepszym pomysłem jest uruchomienie Apache'a, a co za tym idzie i PHP, na uprawnieniach konkretnego użytkownika.

niestety nie mam uprawnien do zmiany grupy i właściciela ;/ nie mam też możliwości uruchomienia apache na konkretnych uprawnieniach

Edit

a czy napisanie skryptu w bashu, który bedzie uruchamiał ten program rozwiąże problem z właścicielami i grupą?
dodam, że skrypt w bashu będzie uruchamiany również za pomocą system() albo exec()

Może "trick" z udzieleniem odpowiednich uprawnień dla innych użytkowników zadziała: http://symfony.com/doc/master/book/install...ation-and-setup (ramka Setting up Permissions).

A sticky bit na uruchamiany program?