Chciałbym, aby kod mojej aplikacji zawierał użyteczne klasy w oddzielnych plikach, ponadto korzystam ze wzorca projektowe MVC, który dołącza już jaką część plików.

Podsumowując:
* załączenie pliku z konfiguracją skryptu i bazy danych
* załączenie kontrolera
* załączenie dziedziczonego kontrolera
* załączenie modelu
* załączenie dziedziczonego modelu
* załączenie widoku
* załączenie dziedziczonego widoku
do tego dochodzi jakiś system szablonów, dajmy na to TWIG
* załączenie systemu szablonów (pomijając fakt, że on sam załącza potrzebne mu pliki)
* załączenie templatka (pomijając fakt, czy będzie on załączał np. nagłówek lub stopkę z oddzielnych szablonów)

Otrzymuje w ten sposób 9 załadowań plików + index.php to w sumie 10.

Jeśli postanowiłbym rozdzielić niektóre klasy aplikacji na pojedyncze pliki, w celu uzyskania czegoś w rodzaju bibliotek, to mógłbym otrzymać w rezultacie nawet >=20 załadowań.

Zastanawia mnie jedno, jak serwer PHP dołącza pliki poprzez funkcje require/include, czy działa to na podobnej zasadzie co obrazki i podstrony w html tzn. klient wysyła żądanie o każdy plik, więc im jest ich więcej - tym dłużej to trwa w wyniku nałożonych ograniczeń, czy może serwer PHP łączy poprzez system operacyjny pliki w całość, dzięki czemu rozwiązuje to problem w podobie do html'owych żądań i programista nie musi się martwić o dużą liczbę includowanych plików.

A może jest jakaś metoda, która pozwala na przyjazne rozszczepienie aplikacji na dużą ilość plików, bez jakichś strat

Nie przejmowałbym się dołączaniem plików.
PHP odwołuje się doń poprzez system plików. Nie są wykonywane żadne żądania tak jak ma to miejsce w HTTP i innych.

Dołączanie plików to nieco złożony temat i potrafi on wpłynąć istotnie na wydajność aplikacji, ale można go skrócić do kilku podstawowych zasad:
1. Powinieneś się trzymać konwencji PSR-0 i dalszych, tj. trzymać każdą klasę w osobnym pliku, a ładowaniem plików powinien zająć się jakiś autoloader.
2. Jeżeli korzystasz z PHP w wersji poniżej 5.5 koniecznie powinieneś upewnić się, że masz włączony jakiś akcelerator (np. APC) oraz że jest on skonfigurowany w taki sposób by trzymać cache'a opcode'u wszystkich plików.
3. Jeżeli masz sporo plików do załadowania (20 to o rząd wielkości za mało) możesz zainteresować się tematem łączenia wielu plików w jeden. Ale to powinno być wykonywane przez jakieś narzędzie w momencie deploy'u aplikacji na serwerze.

Crozin w zasadzie wyczerpał temat - dodam jedynie dwie rzeczy.

Przykładowe, wspomniane APC mega przyśpiesza pracę aplikacji - wówczas problem ładowania plików można w zasadzie pominąć bo przy innych problemach z wydajnością (obciążenie samych serwerów, bazy danych itp) to jedynie mała kropelka w morzu.

Jeśli komuś naprawdę zależy na mega wydajności to podchodzi do tematu jeszcze inaczej i albo nie korzysta z PHP tylko z czegoś innego, albo używa jakiejś techniki/technologii prekompilacji kodu PHP. Są rowziązania pozwalające na pisanie w PHP a następnie kompilowanie (może to nie właściwe słowo) skryptów przykładowo do aplikacji C++ lub podobnego języka. Takie rozwiązania są mega szybkie i ładnie radzą sobie z masami użytkowników.

Autorze w Twoim przypadku gdy pracujesz na ~20 plikach w ogóle zapomnij o tym problemie - choć APC możesz włączyć

Takiej konkretnej odpowiedzi oczekiwałem

Przy okazji zapoznałem się z czymś takim jak "konwencja nazewnictwa PSR-0". Wielkie dzięki wszystkim