Z tego co wiem google pozycjonuje strony m.in na podstawie ilośc podstron, ich objętości oraz ilości linków wewnętrznych. Jak to się ma do stron, które wczytują podstrony do indexu.php po otrzymaniu GETa poprzez coś w tym stylu:

[PHP] pobierz, plaintext 
$subPage = $_GET['page'];
$path = "pages/" . $subPage . ".php";
if (file_exists($path)) {
	include $path;
}
else {
	include("pages/main.php");
}
[PHP] pobierz, plaintext 

Crawler googla jest w stanie je zindeksować, czy to dla niego ukryty content? Jak bardzo szkodliwa jest taka praktyka dla pozycjonowania?

Google nie ma nic do tego w jaki sposob w php generujesz strony. Czy z include czy bez.... Jego interesuje tylko i wyłącznie wynik koncowy.

W takim ustawieniu jedyna strona na którą google może wejść to index.php, którego treść jest zależna od danych jakie otrzyma od przeglądarki. Bez danych, oprócz elementów stałych wyświetlane jest tylko main.php, ale adres pozostaje bez zmian. Inny content dostępny jest tylko po wysłaniu posta lub geta na stronę.
Google jest w stanie zindeksować 2 query stringi przypisane do index.php jako 2 strony? Jest w stanie zindeksować kontent który zobaczyć można dopiero po wysłaniu formularza (choćby takiego, który ma tylko przycisk i kilka ukrytych inputów)?

index.php
index.php?page=abc
index.php?page=def

To 3 kompletnie różne strony/adresy URL.

Dokładnie.

Poza tym poczytaj o ŁADNE URL, dzieki ktorym twoje linki zrobią się jeszcze "atrakcyjniejsze"

Dzięki.
Ładne url == .htacces? Jeśli tak, to już go używam. Nie pokazuję użytkownikom czystych query stringów, strasznie są nieestetyczne : )

No to skoro zamiast
index.php?page=abc
masz juz powiedzmy
abc.html
no to nad czym sie w ogole zastanawiales? Pisalem ci przeciez od samego początku, ze google interesuje wynik koncowy a nie czego uzywasz do jego wygenerowania.