Czy jest jakaś możliwość aby obsługiwać ładne linki (strona.pl/user/tomek) bez mod_rewrite. Chciałbym napisać aplikację uniwersalną - która będzie działać zarówno na Apache jak i np. na Nginx a zarazem chcę żeby miała obsługę ładnych linków.

Serwer nie powinien mieć żadnego znaczenia. Przy frameworkach wszystko przechodzi przez index.php i można się odwoływać index.php/user/tomek. Jeśli nie korzystasz musisz parsować ten ciąg znaków po index.php. Zobacz co masz w $_SERVER

@viking no tak, ale path_info w nginx nie jest dostępny out of box i trzeba go samemu sobie ustawić. Więc równie dobrze można zwyczajnie zrobić rewrite, które będzie odpowiednikiem rewrite z htaccess.
@swist666 zajrzyj jak to opisują najpopularniejsze frameworki (symfony, laravel etc) i zobacz że one opisują jak to robić pod różnymi serwerami www.