elementy flash zawsze na wierzchu - problem stary jak... flash

błąd dotyczy samego flash playera, na stronie adobe, tudzież na forach znajdziesz rozwiązanie polegające na umieszczaniu elementów wewnątrz iframe, albo odpowiednie "wmode" dla flasha. możliwe jednak, ze Twój problem jest inny. Raczej nie stosujesz klasycznych pop-up'ów bo te nie mogą być zasłonięte przez flash na stronie. poszukaj w google pod kątem "flash iframe display: none always on top". rozwiązanie jest możliwe, a problem dosyć poważny. "linuksiarze" niestety nie mogą cieszyć się flash'em nie-na-wierzchu.
za adobe:
Cytat
Use the WMODE parameter to allow layering of Flash content with DHTML layers. The WMODE parameter can be 'window' (default), 'opaque', or 'transparent'. Using a WMODE value of 'opaque' or 'transparent' will prevent a Flash movie from playing in the topmost layer and allow you to adjust the layering of the movie within other layers of the HTML document.
rozwiązanie z iframe z tego co pamiętam tyczy się problemów z polami input/select przykrytymi flash'em.
jeszcze dla kogoś, kto ma ten problem pod linux'em:
Cytat
Note: The WMODE parameter is supported only on some browser/Flash Player version combinations. If the WMODE parameter is not supported, the Flash movie will always display on top.
lipa.