jest jakiś sposób na to?

porównaj MD5 plików

tzn. chcę zrobić licznik, który ma zliczać ilość pobrań pliku, ale nie zaraz po kliknięciu w odsyłacz do niego, a po całkowitym ściągnięciu. Porównanie md5 w tym przypadku jest możliwe?

W takim przypadku md5 odpada. Możesz porównać ilość danych, które zostały wysłane do użytkownika. Jeśli ilość danych == wielkość pliku, to znaczy, że został pobrany w całości.
Ale np. ja używam GetRight'a i zapuszczam 4 równoległe połączenia. Plik ściągam w całości, ale na każdym połączeniu tylko 1/4 jego wielkości. Wtedy albo nie nabijesz licznika wcale, albo zrobisz to 4 razy