Idzie zmienić wygląd(tło, grubość ramki, czcionka) okna alert() ? Jeżeli tak.. to proszę mnie jakoś na to naprowadzić.

Nie da się tego zrobić. Jeżeli chcesz mieć inne okienko, musisz je zasymulować za pomocą HTML na warstwie pojawiającej się nad stroną.

nie da się.
Możesz napisać coś własnego (np. div+position absolute)

Ja z kolei poleciłbym plugin jQuery - http://trentrichardson.com/Impromptu/index.php . Łatwa implementacja i personalizacja.