Jakie ustawienia?
Jeśli ustawienia do połączenia z bazą danych to raczej w pliku php

Jeśli chodzi o ustawienia aplikacji, to zależy (jak większość, zawsze te zależności

). Ustawienia często zmieniane, ustawienia dla konkretnego użytkownika przechowywałbym w bazie. Natomiast w pliku - ustawienia główne aplikacji, które ustawia się raz przy wdrożeniu.