Skrypt pobiera pliki na serwer. W nazwach plików są polskie znaki diakrytyczne i skrypt zastępuje te znaki jakimiś innymi symbolami.
Paranoja. Co może być przyczyną? Czy może to być wina systemu serwera? Jak temu zapobiec?

Może być wina systemu. A może być też wina braku kodowania przez URL.

Nie napisałeś, jak pobiera.

najlepiej usuwać z plików wszystkie polskie znaki, a pełne nazwy kodować w bazie danych - uwierz że będziesz miał z polskimi znakami w nazwach plików duużo problemów ;-)

tak też uczyniłem wstawiając taki skrypt:

[PHP] pobierz, plaintext 
$file = basename($_FILES['dodajZdjecie']['name']); // pobiera oryginalną nazwę pliku
$file = strtolower($file); //zamienia wszystkie znaki na znaczki :)
$file = strtr($file, "ą", "a"); //w zmiennej $file zamienia ą na a i ją nadpisuje
$file = strtr($file, "ć", "c");
$file = strtr($file, "ę", "e");
$file = strtr($file, "ł", "l");
$file = strtr($file, "ń", "n");
$file = strtr($file, "ó", "o");
$file = strtr($file, "ś", "s");
$file = strtr($file, "ź", "z");
$file = strtr($file, "ż", "z");
$file = strtr($file, "ž", "z"); //ž inny dowolny znak
[PHP] pobierz, plaintext 

może komuś się przyda

Przecież istnieje coś takiego jak str_replace(), więc popraw swój kod.