Witam,
próbuje utworzyć ciasteczko za pomocą JS,
a następnie odczytać je w PHP.

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
$.cookie('font_size', size, 100, '/');
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 

a po przeładowaniu strony:

[PHP] pobierz, plaintext 
print_r($_COOKIE);
[PHP] pobierz, plaintext 

niestety ciastka nie ma, choć Opera widzi te ciasto.

Jak za pomocą Opery Dragonfly utworzę ciacho to w PHP jest widoczne.

Nie za bardzo rozumiem, dlaczego w taki sposób tworzysz ciasteczka. Przecież plugin wymaga podania trzech parametrów i trzeciego w formacie json:

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
$.cookie(nazwa, wartość, {opcja: ustawienie})
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 

No chyba, że korzystasz z jakiegoś innego pluginu, bo chyba czysty jQuery nie posiada metody .cookie().

http://plugins.jquery.com/project/cookie

i fragment komentarza:

No to o ten plugin mi chodzi. W taki sposób tworzy się w nim ciasteczko, w jaki Ci przedstawiłem, czyli w Twoim przypadku:

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
$.cookie('font_size', size, { expires: 100, path: '/' })
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext