O co chodzi z "nadmiarem" w bazach mySQL i czym to jest powodowane, oraz jak temu zapobiegać

Nadmiar to coś, co pozostaje po usunięcie danychz bazy.
Silnik bazy wypełnia te miejsce zerami lub czyms podobnym.
Optymalizacja powoduje, ze zbędne puste miejsca po wczesniej skasowanych danych są "porządkowane" a plik danyuch zmniejszany.

BTW: NIe to forum. Przenoszę do Bazy danych

no dobra ale jak mam temu zapobiegać?

Od czasu do czasu tzreba włączyć optymalizację.
To dokłądnie tak samo jak z defragmentacją dysków na komputerze.

A moze chodzi Ci o nadmiar danych? Tzw. redundancje danych (piekne slowa )
Tego nadmiaru nie da sie calkowicie wyeliminowac, mozna jedynie minimalizowac.
Dlatego np. w sztandarowym przykladzie newsow i komentarzy do niego tabele tych dwoch laczy sie nie za pomoca np. tematu tylko id ze wzgledu na to ze to pole najmniej zajmuje, no i temat niekoniecznie musi byc unikalny (aczkolwiek to akurat mozna wymusic) a ID newsa zawsze bedzie unikalne (w poprawnie zbudowanej bazie). Ale juz samo laczenie przez ID powoduje nadmiarowosc danych, poniewaz ID newsow sa i w tabeli newsow, i w tabeli komentarzy (czyli dane dubluja sie). W tym (i podobnych) przypadkach nie da sie tego jednak uniknac.