Czy da się zrobić aby baza danych nie była rozsiana po kilku plikach w jednym katalugu, ale żeby była w jednym pliku, nie ważna jak wielka/wolna miała by być?

Raczej nie. Mysql tworzy sobie trzy pliki dla kazdej tabeli w bazie i tego sie raczej nie obejdzie. A z resztą po co?

Mozesz tworzyc tabele typu InnoDB, wtedy powstaje jeden plik dla kazdej tabeli.

Tak ale czy jest możliwość zeby wszystkie tabele były w jednym i tylko jednym pliku?

Po co? to jest dobre pytanie, chodzi o teorię, nie wiem jeszcze czy będzie to miało praktyczne zastosowanie bo to nie ode mnie wyszło. Ja musze się jedynie dowiedzieć czy się da