Jeśli chodzi o szablony, sprawa jest prosta.
Najprościej zrobić kopię zawartości folderu default (\app\design\frontend\base\default) i umieścić ją w katalogu \app\design\frontend\{twoja_nazwa}\default.
Tak samo z folderem \skin\frontend\base\default i umieścić jego zawartość w folderze \skin\frontend\{twoja_nazwa}\default.
Czyli:
\app\design\frontend\base\default => \app\design\frontend\{twoja_nazwa}\default
\skin\frontend\base\default =?> \skin\frontend\{twoja_nazwa}\default
Teraz tylko w panelu administracyjnym System -> Configuration -> Design:
Current Package Name: {twoja_nazwa}
Od tej pory możesz spokojnie edytować skopiowane pliki, a efekty będą widoczne na stronie (oczywiście musisz też wyłączyć cache, żeby zmiany się od razu oświeżały).
Magento działa w ten sposób, że najpierw próbuje zaciągnąć pliki z Twojego szablonu, następnie z base\default.
Przez to niektórzy kopiują do swojego szablonu tylko te pliki, które edytują - jest to dobre, jeśli ktoś się dopiero co uczy i chce wiedzieć, które pliki były zmieniane, ogólnie jednak tworzy się kopię całego szablonu - łatwiej tym zarządzać.
Poza tym, jeśli chodzi o Magento, trzeba przeczytać trochę tutoriali, dokumentacji - samo pytanie na forum dużo nie da, bo pytań będziesz mieć tysiące