W wine w systemie linux, możliwa jest zmiana etykiety, litery i numeru dysku. Czy jest taka możliwość pod windows np. gdybym chciał zmienić te dane dla partycji E?

Literę - jak najbardziej. Na przykładzie angielskiego XP (sorry, corpostandard):

"My computer", prawoklik, "Manage"
otwiera się okienko, wybieramy "Storage->Disk Management", widzisz wszystkie urządzenia dyskowe, partycje.
wybierasz partycję, prawoklik, "Change Drive Letter and Path" i wybierasz wolną literkę
Koniec.

A jak już jesteś w tym miejscu, to możesz także zmienić etykietę dysku, tylko po prawokliku wybierasz "Properties" i w zakładce "General" (pierwsza z lewej, otwierana domyślnie) masz obok ikonki dysku miejsce do wpisania nowej etykiety dysku. Etykietę dysku da się zmienić także z kilku innych miejsc - co nie zmienia faktu, że zawsze otworzy Ci się takie samo okienko jak w/w. Na przykład identyczny efekt otrzymasz, dwuklikając (ech, jaki potworek językowy mi wyszedł) na "My Computer", wybierając dysk i po prawokilku także "Properties".

Co do innych rzeczy opisanych przez Ciebie - nie wiem jak to zrobić z "gołego" windowsa.

P.S.
w Win7 sposób jest bardzo podobny.

A jak to rozwiązać w kwestii pisania skryptu? Muszę dopisać kawałek kodu do programu który by to zmieniał. W windows nadal nie można tworzyć czegoś na wzór basha (xp/vista/7/8) i nadal trzeba operować tylko na kluczach z rejestru, albo czy obecną partycje można z poziomu systemu, bez instalacji zewnętrznych narzędzi sklonować i/lub utworzyć chwilowy dysk wirtualny?

Oj, pytasz o zbyt zaawansowane (jak dla mnie) windowsowe rzeczy Nie pomogę.
Natomiast jeszcze odnośnie pierwszego posta: w kwestii nadawania dyskowi etykiety, to od czasów stareńkiego DOSa istnieją w systemie polecenia LABEL (można odczytać etykietę i/lub ją zmienić) i VOL (można tylko odczytać serial number dysku i etykietę).

Odnośnie pisania skryptów w windowsie, to za starego DOSa były nakładki (4dos, ndos), po jakimś czasie pojawiło się coś takiego jak Cygwin - ale to są raczej narzędzia uniksowe (np. find, grep) przeportowane na Windows - nie wiem, czy mają te funkcjonalności, których szukasz.

kiedyś dawno temu było w DOS polecenie subst mapujące zasób na literkę
strzelam, może a nóż widelec Ci to wystarczy.