Jakoś ja jeszcze nie miałem problemów z polskimi znakami w Netbeans gdy tylko ja edytowałem dane pliki...
Masz dobrze ustawione kodowanie projektu?? - domyślnie UTF-8
Nie otwierasz czasem lub ktoś plików w jakimś innym edytorze zwłaszcza do lekkich przeróbek?? lub do podglądu ale edytor ustawiony z jakimś autozapisem (upewnij się z jakim kodowaniem otwierane są pliki w tamtych edytorach/notatnikach)

możesz jeszcze bardziej oddzielić logikę od danych tekstowych i zwracać uwagę na datę zapisu plików zawierających dane tekstowe...
ps. przeglądając HISTORIĘ w Netbeans możesz przywrócić zmiany w jednym pliku (bądź nawet jego fragmencie...) - nie musisz w całym projekcie... nie pamiętam jak to dokładnie jest przeglądając historię spod SVN ale z pod Git'a nie ma z tym problemu... a Git'a możesz używać lokalnie i nie musisz znać poleceń przy edytorach IDE typu Netbeans...