Zrobiłem przykładowy skrypt:

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
 
class test
{
	function __construct()
	{
		print ' dane1 ';
	}
 
	function __destruct()
	{
		print ' dane2 ';
	}
}
 
ob_start();
$test = new test;
 
$dane = ob_get_contents();
print $dane;	
 
ob_end_flush();
 
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

W konstruktorze działa poprawnie a w destruktorze nie. Jak zrobić by działało??

przyczyna jest prosta.
Twój obiekt nie jest niszczony przed wywołaniem ob_get_contents() więc i destuktor nie jest uruchamiany.
Jeśłi koniecznie musisz korzystać z destruktora w takim połączeniu, to musisz gdzieś w międzyczasie go zniszczyć, np. przy pomocy unset( $Obiekt );