Chciałbym cyklicznie wywoływać ajaxa i wiem, że można poprzez funkcję setTimeout(), ale zrobiłem tak:

[PHP] pobierz, plaintext 
	$(function() {
		$.ajax({
			url: 'session.php',
			context: $('#licznik'),
			timeout: 3000
		}).done(function(data) {
			$(this).html(data);
		});
	});
[PHP] pobierz, plaintext 

i nie wiem czemu nie działa mi timeout: 3000 - ajax uruchamia się tylko raz.

Ten parametr służy do czego innego.
Pozostaje funkcja setInterval (nie setTimeout).

http://api.jquery.com/jquery.ajax/ - zobacz za co w ogóle odpowiedzialny jest parametr timeout.