tak jak poprzednik napisał, dałeś header na 100% i następne elementy są zasłaniane, chcesz menu na całą szerokość strony to daj tylko width:100%, height ustaw sobie np na 5% i reszta po header będzie już na swoim miejscu (tylko powinieneś dać margin-top:10% dla pierwszego elementu po header, żeby dobrze się ułożyło, bo fixed traktowane jest jak absolute i nie wpływa na pozycjonowanie reszty elementów).
Poza tym również wspomniane DOCTYPE, tu masz poprawną składnię HTML5:
<!DOCTYPE html>
<meta name="description" content="opis"> <link rel="icon" href="..." type="image/x-icon"> <!-- [if lt IE 9]>
<script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js">
<![endif-->]
<header>
nagłówek
<nav>
nawigacja menu
</nav>
</header>
<main>główna treść</main>
<aside>boczna treść, jeśli potrzebna</aside>
<footer>stopa</footer>